Bij een vergelijkend schoensporenonderzoek zijn drie fasen te onderscheiden:
1. het vooronderzoek
2. het vergelijkend onderzoek
3. het trekken van conclusies

1. Het vooronderzoek

Doel van het vooronderzoek is om aan de hand van de aangeboden sporen en schoenen vast te stellen of een vergelijkend onderzoek mogelijk is. Bij het vooronderzoek worden de ontvangen stukken en de gegevens op de bijbehorende aanvraag geïnventariseerd en gecontroleerd. Nagegaan wordt of alle in de aanvraag genoemde stukken zijn ontvangen, of ze separaat en deugdelijk zijn verpakt en of de vraagstelling relevant en correct is. De stukken van overtuiging (schoensporen en schoenen) worden geanalyseerd en gecontroleerd op de aanwezigheid van vreemd (niet van de schoen zelf afkomstig) materiaal, zoals verf, glas, metaaldeeltjes, vezels, bloed enzovoort. De sporen en de schoenen worden strikt gescheiden onderzocht, zodat geen contaminatie kan optreden. Eventueel op de schoenen gevonden relevant vreemd materiaal wordt veiliggesteld, waarna kan worden beslist of nader vergelijkend materiaalonderzoek nodig is.

2. Vergelijkend onderzoek

Bij het vergelijkend onderzoek orden de schoensporen vergelen met de aangeboden schoenen de hiermee vervaardigde proefsporen. Soms worden alleen schoenen ontvangen, met de vraag of deze vergeleken kunnen worden met de aanwezige verzameling “schoensporen aangetroffen bij misdrijven”. De voor onderzoek aangeboden schoenen worden dan vergeleken met alle schoensporen in de verzameling.

Onderzocht wordt of de schoensporen, de schoenen en de eventueel hiermee vervaardigde proefsporen onderling overeenkomen qua algemene en seriekenmerken, maar vooral ook overeenkomen waar het karakteristieke kenmerken betreft.

De waargenomen overeenkomsten en verschillen worden vastgelegd en omschreven. In de omschrijving wordt opgenomen:
 of het profiel van de schoenen overeenkomst met het weergegeven profiel van de schoensporen; de overeenkomst wordt uitgedrukt met de termen “komt overeen” of “komt niet overeen”;
 of de afmetingen van de schoenen overeenkomen met die van de schoensporen; de mate van overeenkomst van de afmetingen wordt uitgedrukt met termen als “komen praktisch overeen”, “wijken enigszins af”, “afmetingverschillen waargenomen” en “komen niet overeen”;
 of onregelmatigheden in het spoor qua worm en/of plaats overeenkomen met beschadigingen in de schoen; het aantal gevonden overeenkomsten kan worden genoemd of worden uitgedrukt met termen als “enkele”, “diverse” of “meerdere”;
 de mate van overeenkomst; deze wordt uitgedrukt met termen als “komt overeen” of “komt globaal overeen”.

3. Concluderen

De getrokken conclusie geeft antwoord op de vraag of een schoenspoor met een bepaalde schoen is veroorzaakt. De onderzoeker formuleert zijn conclusie op basis van zijn waarnemingen tijdens het onderzoek en maakt gebruik van onderstaande reeks. De hoogte van de conclusie is afhankelijk van het aantal overeenkomende kenmerken en de karakteristieke waarde ervan. Ook de mate van overeenkomst speelt hierbij een rol. De bepaling van de karakteristieke waarde van overeenkomsten is gebaseerd op de richtlijn opgesteld door het Nederlands Forensisch Instituut (“Richtlijn ten behoeve van het waarderen en concluderen bij vergelijkend schoenspooronderzoek”) en de kennis en ervaring van de onderzoekers binnen het vakgebied.

Bij het formuleren van conclusies wordt gebruik gemaakt van de volgende reeks:

• Bevestigend: is veroorzaakt;
• zeer waarschijnlijk;
• waarschijnlijk;
• mogelijk;

De vraag blijft open: niet vastgesteld;

• Ontkennend: niet aannemelijk;
• waarschijnlijk niet;
• niet.

De conclusie dat een schoenspoor is veroorzaakt met een schoen wil zeggen dat de onderzoeker de overtuiging is toegedaan dat het schoenspoor is veroorzaakt met de onderzochte schoen. De algemene kenmerken komen overeen en overeenkomende karakteristieke kenmerken zijn in overtuigende mate aanwezig.

De conclusies dat een schoenspoor mogelijk, waarschijnlijk of zeer waarschijnlijk is veroorzaakt met de onderzochte schoen geven aan dat de onderzoeker de kans dat een andere schoen het spoor heeft veroorzaakt steeds in stappen kleiner acht. De algemene kenmerken komen overeen en de overeenkomende karakteristieke kenmerken zijn in toenemende mate aanwezig.
Kanttekeningen:
 de conclusie is veroorzaakt kan soms worden getrokken na het vinden van slecht één karakteristieke overeenkomst met een hoge karakteristieke waarde die qua plaats en vorm goed overeenkomt;
 een conclusie waarschijnlijk kan soms worden getrokken na het vinden van meerdere overeenkomsten met een beperkte karakteristieke waarde die qua plaats en vorm globaal overeenkomen.

De conclusie dat niet kon worden vastgesteld of een schoenspoor is veroorzaakt met een bepaalde schoen doet zich voor wanneer de algemene kenmerken overeenkomen maar er daarnaast geen karakteristieke kenmerken zijn gevonden. Het schoenspoor kan zowel door de onderzochte schoen zijn veroorzaakt als door een andere schoen met een soortgelijk profiel en dezelfde afmetingen.

De conclusies niet aannemelijk en waarschijnlijk niet geven aan dat de onderzoeker de kans dat een andere schoen het spoor heeft veroorzaakt met elk van deze conclusies groter vindt worden. Er is een toenemend aantal verschillen in algemene en/of karakteristieke kenmerken waar te nemen.

De conclusie dat een schoenspoor niet is veroorzaakt met een schoen wil zeggen dat de onderzoeker de overtuiging is toegedaan dat het schoenspoor niet is veroorzaakt met de onderzochte schoen. Er zijn duidelijke verschillen in algemene en/of karakteristieke kenmerken geconstateerd.

Conclusies bij onderlinge vergelijkingen van schoensporen

Wanneer schoensporen onderling worden vergeleken, is het niet mogelijk beschadigingen in de sporenveroorzaker (de schoen) te analyseren. Daarom wordt in dit geval, zelfs bij het aantreffen van overeenkomende onregelmatigheden in de schoensporen, geen sterkte conclusie gegeven dan dat de sporen zeer waarschijnlijk met dezelfde schoen zijn veroorzaakt.

Conclusies in geval van één paar schoenen en bijpassende sporen

Zijn op één locatie schoensporen aangetroffen met hierin onregelmatigheden die overeenkomen met beschadigingen in zowel linker- als de rechterschoen van één paar, dan wordt een conclusie getrokken op basis van het totale aantal overeenkomsten.

4. Controle

Elk vergelijkend schoensporenonderzoek wordt nagekeken door een tweede onderzoeker. Hierbij worden de bevindingen van de eerste onderzoeker en de daaruit getrokken conclusie gecontroleerd, evenals de inhoud en de vorm van het conceptrapport. Bij het aantreffen van onvolkomenheden verricht de tweede onderzoeker zelfstandig (aanvullend) onderzoek.